在北宋书院的发展基础上，南宋书院教育逐步恢复并勃兴。尤其朱熹及其弟子们开创的书院传统和精神，更使书院教育至理宗朝达到鼎盛，书院的兴衰和宋代理学的发展呈现出一定的同步性。从某种意义上讲，理学大师、教育家朱熹的书院教育活动可视为南宋书院教育的典型代表。
首先，诚挚的敬业精神。朱熹及其弟子以书院为阵地，授受相传，建立门户，确立了学统。朱熹曾言：敬业者，专心致志以事其业者也。他自步入仕途，至69岁罢官还乡，其主要精力都放在了著述和讲学上。“熹登第五十年，仕于外者仅九考，立朝才四十四日”（《宋史·朱熹传》），即使短暂的任职期间，他也讲学不辍：“居家则寒泉谈经、武夷授课、沧州讲学，外任则白鹿书院、漳州道院、岳麓书院，随政兴学，门人弟子遍布天下”（陈来《朱熹哲学研究》中国社会科学出版社 1987年）。在朱熹的一生中，他对书院有种浓烈难逝的情结，其主要活动地在福建、江西。透过一些记载我们能大致窥其孜孜以书院活动的风貌：
浣溪书院：在古田县八都。淳熙二年（1175）“朱文公书扁。”
螺峰书院：在古田县西八都。书院中的“‘文昌阁’三字，朱文公所书也。”
考亭书院：在建阳县三桂里。“宋朱松尉尤溪时经此，爱其山水清邃，恒欲卜居而未果。绍熙三年（1192）其子熹奉承先志，筑居室之五年。以四方来学者众，因建精舍于所居之东以处之，扁曰竹林精舍，更曰沧州精舍”。“淳右四年（1244），诏立为书院，御书‘考亭书院’四大字扁之”。
义宁书院：在建阳县崇化里。“宋淳熙元年（1174）刘龠建，以为师友讲学之所，朱熹题扁。”
（以上据弘治《八闽通志》卷四十四）
草堂书院：在玉山县北怀玉山下。“朱子讲学于此。有青山绿树亭、源头活水亭，堂庑号舍具备。相传朱子题山下酒舍一联云：‘泉飞白石堪为酒，灶傍青山不买柴。’即其地也。”
鹅湖书院：在铅山县北鹅湖寺下傍。“宋儒朱子、陆复斋象山、吕东莱讲学之所。淳 右庚戌十年（1250），江东提刑蔡抗请于朝，赐名文宗书院。”
双桂书院：“在德兴县游奕坞。相传朱子赐程晔和程燧兄弟诗：‘君家构屋积玉堆，两种天香手自栽。清影一帘秋淡荡，任渠艳冶斗春开。’书院之名由此。”
（以上据雍正《江西通志》卷二十二）
朱熹行迹和曾有过关系的书院还很多，我们从以上例举可感受到，朱熹或受聘至书院讲学，或与书院师儒讨论学术，或修建书院，或给书院题匾作记，并从中看出宋代书院始出现御题御书匾额以示书院官学化之痕迹。朱熹沈浸书院日久，桃李满天下，其理学思想及治学之道得到了广泛传播。
其次，理学教育特征。理学的发展是学者们积极发展书院教育的直接动力。面对官学制度的腐 败，社会士学风气的堕落，有识之士清醒地在教育方向、内容及人格建构方面因材施教、究明义理，注重自身修养及人格建树的理学成为绝佳的桥梁。简言之，当时官学教学方式陈腐呆板，导致学子志大才疏，唯重功名利禄，“朝为田舍郎，暮登天子堂”的汲汲功名之心成为士子读书的重要诱因。正如黄宗羲《明夷待访录》中所言：“其所谓学校者，科举嚣张富贵熏心，亦遂以朝廷之势利，一变其本领。”而书院学风灵活生动，学规整饬条理，内容简要峻洁，吸引了众多学子。加之书院与“钓声名、取利禄”的世俗读书企图泾渭分明，提倡高风亮节，注重人格建树，并以朱熹所开创的书院传统和精神为典范，尤其当理学发展至理宗时期广为传播，书院也就更成为士子所倾慕的求学之所。朱熹认为首先应该批评不良学风，“若读书上有七分志，科举上有三分，犹自可；若科举七分，读书三分，将来必被他胜却，况此志全是科举！所以到老使不着，盖不关为己也”（《朱子语类》卷十三）他大力提倡“为己之学”。《论语·宪问》：“古之学者为己，今之学者为人。”他认为“圣贤论学者用心得失之际，其说多矣，然未有如此言之切而要者，于此明辨而日省之，则庶乎其不昧于所从矣”（《四书章句集注·论语集注》卷七）所谓“为己之学”，即自觉地读书学习，注重修养，求得道德学问。在朱熹建构的理学世界中，他完善了格物致知论，强调体认社会伦理的原则规范并化成高度的自觉行为，重视人文教育及人格建设。提倡明人伦即明理的教育目的，以理学教育和经学教育为主的教育内容，从《小学》、《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》，到《诗》、《书》、《易》、《礼》、《春秋》等的治学次第，以及对后世产生重要影响的教学论和读书法，均体现出朱熹理学教育的时代特征。
明人伦、明理的教育目的
朱熹著名的《白鹿洞书院揭示》即白鹿洞学规体现了书院全新的教育理念、价值体系，他提出了明人伦的教育目的：“父子有亲、君臣有义、夫妇有别、长幼有序、朋友有信。”因之他还提出“博学之、审问之、慎思之、明辨之、笃行之”，并为之注曰：“右为学之序。学、问、思、辨四者，所以穷理也；若夫笃行之事，则自修身以至于处事、接物，亦各有要”（《朱文公文集》卷七十四），他指出教育的目的在于明人伦，而明人伦须遵循博学、审问、慎思、明辨、笃行的顺序，其中学、问、思、辨是为了穷理，笃行则是修身以落实到具体的处事接物的事实中去。这些皆由儒家经典语句集成，无一字无来历，这部学规是最能体现封建时代书院精神的学规，其中蕴含了对教育目的、内容及方法的体认，实为中国封建社会书院制度化、规范化的重要标志。
朱熹视读书做学问为第二事，求理才是其目的。他反对钓声名、取利禄的现象，批评学校及科举流弊，主张以讲明义理即“为己之学”为求学目的。他说“读书乃学者第二事。……而今读书，只是要见得许多道理”（《朱子语类》卷十161页）。而《白鹿洞书院揭示》后又成为岳麓书院的“教条”，目的都是为了让学生明确学习目的，使诸生明义理，以修其身，然后行之于事，推己及人，进而齐家、治国、平天下。当然随着理学地位的正式确立，书院的官学化色彩不断加浓，淳右元年（1241）宋理宗视察太学，御笔《揭示》赐予国子监诸生。后又诏颁各府州县学，全国推广，以至对元明清书院也产生了重大影响。
教育理念及教材内容
朱熹以宋代理学和儒学经学为主，其儒家经学的教育贯穿着宋代理学精神，而与传统的儒家经学教育有别。于内容上，朱熹把教育分为小学、大学两阶段。“古者小学教人以洒扫应对进退之节，爱亲敬长隆师亲友之道，皆所以为修身齐家治国平天下之本”（《朱文公文集》卷七十六《题小学》）。“小学是事，如事君、事父、事兄、处友等事，只是教他依此规矩做去。大学是发明此事之理”（《朱子语类》卷七 125页）很明显他把学校教育分为两个阶段，小学教之以事，大学明之以理，后者是真正目的。我们从朱熹据循序渐进及由事至理原则所设置的教材也可窥见一斑，如自编《童蒙须知》中有《衣服冠履》、《语言步趋》、《洒扫涓洁》、《读书写文字》、《杂细事宜》等，由生活细节的规范体现了朱熹小学教育侧重教之以事的特点；至于大学教育教材，以“四书”及《四书章句集注》等为主，以格物致知作为大学教育的认识论基础，具有浓郁的理学教育特色。
教学论与读书法
其一，“为学在立志”。
针对贪利禄而不讲道义的求学态度而发。朱熹认为端正学者的治学态度很重要，并强调立志于求道义。如：
“书不记，熟读可记；义不精，细思可精。唯有志不立，直是无着力处。只如而今贪利禄，而不贪道义；要作贵人，而不要作好人，皆是志不立之病”（《朱文公文集》卷七十四《又谕学者》）。
其二，“读书须是虚心切己”。
朱熹提倡看文字须虚心，不要先立说。
其三，多读书与熟读精思相结合。
朱熹曾言：“书只贵读，读多自然晓”。“须平日多读书，讲明道理，以涵养灌培，使此心常与理相入，久后自熟，方见得力处。且如读书，便今日看得一二段，来日看三五段，殊未有紧要。须是以磨岁月，读得多，自然有用处。且约而言之：《论语》、《孟子》固当读，‘六经’亦当读，史书又不可不读。讲究的多，便自然熟”。这些和“问渠哪得清如许，为有源头活水来”是一脉相承的。即通过多读书，积累知识，自然能掌握道理。但同时要精熟，与其贪多，不如求精。
自由活泼的学术空气
理学兴盛之际，各派之间论争激烈。朱熹除亲自授课外，并未固守一家之言，曾邀请与他论战多年的陆九渊来白鹿洞书院讲学。这不啻为书院的学术空气注入了新鲜、自由、兼容之活力，也充分显示了朱熹的办学思想及教育观念。陆九渊以“君子喻于义，小人喻于利”为题展开讲述，“说得来痛快，至有流涕者。元晦深感动，天气微冷，而汗出挥扇”（《陆九渊集》卷三十六中华书局 1980年）而朱熹确乎以其真诚而表白：“熹当与诸生共守，以无忘陆先生之训。”并请陆九渊把讲义“笔之于简”，朱熹亲自写《跋金溪陆主簿白鹿洞书堂讲义后》，珍藏于书院以供摹览学习。意犹未尽，朱熹在《白鹿讲会次卜丈韵》诗中续谈此次学术交流的动情：“宫墙芜没几经年，只有寒烟锁涧泉。结屋幸容追旧观，题名未许续遗编。青云白石聊同趣，霁月光风更别传。珍重个中无限乐，诸郎莫苦羡腾迁”（《晦庵先生朱文公文集》卷七）。这种百家争鸣、自由论辩的学术活动大大促进了不同流派间的学术交流，对于士子开阔视野、激发思路有重要影响。
总之，作为中国古代著名教育家的朱熹，一生投身教育，将学术与教育相结合，通过从事学校和书院教育活动来传播其理学与经学思想，勤勉于传道授业、著书立说、会友辩学、创立学派，使理学得到广泛的推广，对中国思想史和教育史均产生了深远影响。继承朱熹之志，其弟子及再传弟子在理学解禁后，再次以书院为凭借大力传播和普及一度遭禁的理学，以至于宋末元初之际，形成了我国书院历史上的高峰。这些书院多研习理学，创办者或为清醒世事的隐士们，或为不仕新朝的遗民们。他们或任书院山长，或讲学其中，以朱熹为代表的宋儒所开创的书院传统，也在宋末书院延续光大。
